وفقا لبعض المصادر، يروي الدكتور (عبد الهادي التازي) الباحث المغربي المعروف والذي كان سفيرا للمغرب لدى ليبيا في أواخر عهدها الملكي، في كتابه المعنون (امير مغربي في طرابلس- أو ليبيا من خلال رحلة الوزير الاسحاقي) رواية، يقول فيها، ان احد امراء المغرب وهو محمد بن عبد الله الخطيب بن إسماعيل بن مولاي علي الشريف العلوي (1710-1790م) والذي اصبح فيما بعد السلطان العلوي محمد الثالث، قد مر منذ نحو قرنين بطرابلس واقام بها لفترة قصيرة ثم ارتحل عنها لاستكمال رحلته نحو مكة المكرمة لأداء فريضة الحج غير أنه نسي صرة بها قطع ذهبية طمرها حيث نزل، فنذر ان وجدها مكانها عندما يعود ان يبني بها جامعا في نفس المكان. وهذا ما حدث. فعند عودته وجد الصرة في مكانها كما هي فأوفى بنذره وبنى جامع على الطراز المغربي وهو الجامع الذي عرفه أهل طرابلس باسم جامع مولاي محمد.
صدقا، لا استطيع أن أنفي أو أؤكد صحة هذه الرواية، خاصة ما يتعلق منها بصرة الذهب.. ولكنها مقبولة وفق ما هو مشاع من أن من بنى هذا المسجد هو شخص مغربي كان في طريق ذهابه أو عودته من الحج.
في منتصف ستينيات القرن العشرين أي خلال العهد الملكي وتحديدا سنة 1966 أو 1967، وبسبب تقادم وتهالك مبنى الجامع شرعت الدولة الليبية في اعادة بناؤه من جديد مع زيادة مساحته بأضعاف ما كان عليه مبناه القديم، ليوفر مكانا أكبر لعدد أكبر من المصلين وتم تزيين قاعته وفق ما تطلبه هندسة بناءه الجديد بأعمدة رخامية تعلوها أقواس، كما تم زخرفة جدرانه بنقوش إسلامية مغاربية.
يعد هذا المسجد الذي لا زال يعرف باسم بانيه الأول حتى اليوم، من أجمل وأشهر مساجد مدينة طرابلس التي تحتضن مئات المساجد، وكثيراً ما تنقل منه عبر الأثير المسموع والمرئي شعائر صلاة الجمعة وبعض الاحتفالات الدينية الأخرى.